В соответствии с указом Президента Российской Федерации и постановлением Правительства в АО «Концерн ВКО «Алмаз – Антей» были объединены десятки предприятий: заводы, научно-производственные объединения, конструкторские бюро и научно-исследовательские институты. Они занимались разработкой и производством зенитных ракетных комплексов малой, средней и большой дальности действия, основных типов средств радиолокационной разведки и автоматизированных систем управления.

В 2007 году произошло укрупнение Концерна. В его состав вошло более 60 предприятий из 17 регионов России.

Концерн стал первой крупной организацией, созданной в рамках Федеральной целевой программы «Реформирование и развитие оборонно-промышленного комплекса» (2002–2006 гг). На его долю выпала функция первопроходца в решении проблем формирования акционерного капитала и корпоративной системы управления.

Указом Президента Российской Федерации в 2008 году Концерн определён единственным поставщиком (головным исполнителем) и является ведущим системным интегратором в сфере использования воздушного пространства, включая Единую систему организации воздушного движения Российской Федерации.

В 2015 году Концерн построил новый завод – Кировское машиностроительное предприятие.

В 2015 году завершилось строительство Нижегородского завода 70-летия Победы.

В 2019 году при участии Концерна был создан центр компетенций по разработке рентгенодиагностического оборудования, аналогов которому в России на тот момент времени не было.

В 2019 году Концерн приступает к производству оборудования для подводной добычи углеводородов.